Sodan alettua Nummelan koulukiinteistöt toimivat siirtoväen majoitustiloina 27. helmikuuta 1940 saakka, jolloin kivikoulu otettiin suojeluskuntaosaston ja vanha puukoulu työkomppanian käyttöön.

Koulun johtajaopettaja K.O. Koskinen toimi siirtoväen paikallisena huoltajana, ”kyläpäällikkönä”, sekä vapaan huollon toimihenkilönä. Naisopettajat – nimitys oli siihen aikaan yleisesti käytössä – olivat ompelutöissä.

Yläkoulun opettaja Elin Karhumäki oli joulukuun alusta 1939 koululle evakoitujen aluksi 150 ja sittemmin 50 hengen ryhmän huoltoemäntänä. Lisäksi hän työskenteli puolustusministeriön lääkintäosaston sairaalatarvikkeiden valmistamossa, joka sijaitsi koululla. Elin Karhumäki valmisti ja valmistutti myös villavaatteita armeijalle.

Talvisodan aikana koulutyö keskeytyi 1.12.1939 ja jatkui vasta 6.5.1940.

Välirauhan aikana koululla oli työkomppania. Kesällä 1941 koululla oli ilmavoimien lentolaivue 6:n huoltojoukko.

Helmikuun 1944 suurten pommitusten jälkeen tuli Nummelan kouluun n. 50 helsinkiläislasta. Alakoulun opettajaksi tuli Helsingin kaupungista maisteri Helmi Näre. Ylempiluokkalaiset opiskelivat Elin Leväsen luokassa.

Koululla oli monenlaista majoitusta sodan loppuaikoina, mm. sotilassairaala syksyllä 1944. Alakoulu siirrettiin silloin: Nummelan rukoushuoneelle.

9. sotasairaalan jaostosairaala II B sijaitsi Nummelan kansakoulussa ja siellä hoidettiin pääasiassa sisä- ja ihotautipotilaita 17.7. – 15.9.1944.